| 1 |
第1章 蛋白質の三次元構造 |
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| 2 |
A.蛋白質の一次構造 |
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| 3 |
B.三次元構造の決定法 |
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| 4 |
C.蛋白質の三次元構造 |
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| 5 |
D.蛋白質の多様性 |
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| 6 |
E.より高い水準の組織化:多酵素複合体 |
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| 7 |
F.酵素-基質複合体の構造 |
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| 8 |
G.蛋白質の柔軟性とコンフォメーション運動性 |
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| 9 |
第2章 化学触媒 |
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| 10 |
A.遷移状態理論 |
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| 11 |
B.触媒の原理 |
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| 12 |
C.共有結合触媒 |
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| 13 |
D.構造-活性相関 |
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| 14 |
E.微視的可逆性すなわち詳細釣り合いの原理 |
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| 15 |
F.速度論的等価性の原理 |
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| 16 |
G.速度論的同位体効果 |
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| 17 |
H.酵素触媒の古典的因子のまとめ |
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| 18 |
第3章 酵素反応速度論の基本式 |
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| 19 |
A.定常状態の速度論 |
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| 20 |
B.Michaelis‐Mentenパラメータの重要性 |
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| 21 |
C.データのグラフ表示 |
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| 22 |
D.阻害 |
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| 23 |
E.非生産的結合 |
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| 24 |
F.kcat/KM=k2/Ks |
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| 25 |
G.拮抗基質 |
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H.可逆性:Haldaneの式 |
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| 27 |
I.Michaelis‐Mentenの式が適用できない揚合 |
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J.多基質系 |
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| 29 |
K.速度式の簡便化 |
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| 30 |
L.熱力学サイクル |
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| 31 |
第4章 各速度定数の測定と大きさ |
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| 32 |
パート1 A.迅速混合とサンプリング技術 |
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| 33 |
パート1 B.閃光分解(flash photolysis) |
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| 34 |
パート1 C.緩和法(relaxation methods) |
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| 35 |
パート1 D.前定常状態と緩和速度過程の解析 |
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| 36 |
パート1 E.酵素の絶対濃度 |
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| 37 |
パート2 A.速度定数の上限 |
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| 38 |
パート2 B.酵素の速度定数と律速過程 |
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| 39 |
第5章 酵素触媒のpH依存性 |
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| 40 |
A.単純な酸と塩基のイオン化:その基本式 |
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| 41 |
B.酵素の解離基のイオン化が速度過程に及ぼす影響 |
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| 42 |
C.単純な理論の修正と破綻 |
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| 43 |
D.表面電荷が酵素の基のpKaに与える影響 |
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| 44 |
E.データのグラフ表示 |
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| 45 |
F.説明に役立つ実例と実験的証拠 |
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| 46 |
G.酵素の解離基の直接滴定 |
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| 47 |
H.酵素内の基や溶液中の基に及ぼす温度,溶媒の極性,イオン強度の影響 |
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| 48 |
I.酵素中でのpKaの大きな摂動 |
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| 49 |
第6章 反応速度論と平衡論に関する実用的方法 |
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| 50 |
A.分光法と反応速度法 |
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| 51 |
B.反応速度データのプロット |
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| 52 |
C.蛋白質-リガンド複合体の解離定数の決定 |
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| 53 |
D.結合データのプロット |
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| 54 |
E.コンピュータを用いたデータのフィッティング |
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| 55 |
F.統計,観測誤差と精度 |
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| 56 |
第7章 酵素反応における中間体の検出 |
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| 57 |
A.前定常状態速度論と定常状態速度論の違い |
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| 58 |
B.キモトリプシン:ストップトフロー分光法,定常状態の反応速度論および生成物の分配による中間体の検出 |
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| 59 |
C.分配実験と速度論的実験による中間体検出の例 |
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| 60 |
D.アミノアシル‐tRNA合成酵素:停止フロー法,定常状態の速度論解析,同位体交換を用いた中間体の検出 |
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| 61 |
E.コンフォメーション変化の検出 |
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| 62 |
F.今後の展望 |
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| 63 |
第8章 酵素反応の立体化学 |
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| 64 |
A.光学活性とキラリティー |
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| 65 |
B.立体特異的酵素反応の例 |
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| 66 |
C.キラル中心のコンフィグレーションの保持や反転に基づく中間体の検出 |
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| 67 |
D.キラルなメチル基 |
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| 68 |
E.キラルなリン酸 |
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| 69 |
F.酵素反応の立体電子的制御 |
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| 70 |
第9章 活性部位結合型および酵素によって活性化される不可逆的阻害剤:「アフィニティーラベル」および「自殺阻害剤」 |
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| 71 |
A.蛋白質の化学修飾 |
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| 72 |
B.活性部位特異的不可逆阻害剤 |
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| 73 |
C.酵素によって活性化される不可逆的阻害剤 |
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| 74 |
D.遅くて,強い結合による阻害 |
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| 75 |
第10章 コンフォメーション変化,アロステリック制御,モーター,仕事 |
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| 76 |
A.正の協同性 |
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| 77 |
B.アロステリック相互作用と協同性の機構 |
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| 78 |
C.負の協同性と半活性部位(half‐of‐the‐sites)反応性 |
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| 79 |
D.協同性の定量的解析 |
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| 80 |
E.ヘモグロビンへの協同的な結合の分子機構 |
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| 81 |
F.代謝経路の制御 |
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| 82 |
G.ホスホフルクトキナーゼとアロステリックフィードバックによる制御 |
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| 83 |
H.グリコーゲンホスホリラーゼとリン酸化による制御 |
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| 84 |
I.G蛋白質:分子スイッチ |
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| 85 |
J.モーター蛋白質 |
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| 86 |
K.回転触媒によるATP合成:ATP合成とF1‐ATPase |
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| 87 |
第11章 分子間力と結合エネルギー |
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| 88 |
A.非結合原子間の相互作用 |
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| 89 |
B.蛋白質とリガンドの結合のエネルギー |
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| 90 |
C.エネルギー増分の実験による測定 |
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| 91 |
D.エントロピーと結合 |
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| 92 |
E.エンタルピー-エントロピー相殺 |
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| 93 |
F.まとめ |
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| 94 |
第12章 酵素-基質の相補性と触媒における結合エネルギーの利用 |
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| 95 |
A.触媒における酵素-基質結合エネルギーの利用 |
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| 96 |
B.触媒反応における結合エネルギーの利用と酵素-基質遷移状態相補性の実験的根拠 |
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| 97 |
C.最大反応速度の進化:遷移状態の強い結合及び基質の弱い結合 |
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| 98 |
D.結合エネルギー利用の分子機構 |
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| 99 |
E.中間体の集積に関する速度最適化の効果と,酵素における内在的な平衡 |
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| 100 |
第13章 特異性と修正機構 |
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| 101 |
A.特異性の限界 |
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| 102 |
B.修正または校正機構 |
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| 103 |
C.正確さの代価 |
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| 104 |
第14章 組換えDNA技術 |
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| 105 |
A.DNAの構造と特性 |
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| 106 |
B.大量生産のための酵素遺伝子のクローニング |
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| 107 |
C.合理的設計のための部位特異的突然変異導入 |
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| 108 |
D.無作為変異導入とレパートリーの選択 |
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| 109 |
第15章 蛋白質工学 |
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| 110 |
パート1 A.機構論的な目的 |
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| 111 |
パート1 B.チロシル‐tRNAシンテターゼ |
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| 112 |
パート1 C 体系的な部位特異的変異導入研究の必要性 |
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| 113 |
パート1 D.変異の選択 |
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| 114 |
パート1 E.戦略:自由エネルギープロフィールと差エネルギー図 |
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| 115 |
パート1 F.チロシン活性化における差エネルギー図からの結果 |
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| 116 |
パート1 G.差エネルギーからの見かけ上の結合エネルギーと増加結合エネルギーとの関係 |
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| 117 |
パート1 H.進化の調査:“逆遺伝学” |
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| 118 |
パート1 I.結合エネルギーにおける直線自由エネルギー関係 |
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| 119 |
パート1 J.変異誘発による酵素の全体の構造と対称性の探索 |
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| 120 |
パート1 K.Tyr‐AMPの加水分解に対する自由エネルギーの測定 |
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| 121 |
パート2 A.ズブチリシン |
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| 122 |
パート2 B.触媒トライアドとオキシアニオン結合部位の精密解析 |
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| 123 |
パート2 C.特異性の再設計 |
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| 124 |
パート2 D.安定性と他の特性の設計 |
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| 125 |
第16章 酵素の構造と反応機構の事例研究 |
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| 126 |
A.脱水素酵素 |
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| 127 |
B.プロテアーゼ |
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| 128 |
C.リボヌクレアーゼ |
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| 129 |
D.リゾチーム |
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| 130 |
E.いくつかの一般論 |
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| 131 |
第17章 蛋白質の安定性 |
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| 132 |
A.蛋白質の変性 |
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| 133 |
B.変性状態の構造 |
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| 134 |
C.安定性変化の測定 |
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| 135 |
D.構造形成のエネルギー特性 |
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| 136 |
E.安定性-活性の折り合い |
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| 137 |
F.一次構造からの三次元構造の予測 |
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| 138 |
第18章 蛋白質フォールディングの速度論 |
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| 139 |
A.フォールディングの速度論 |
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| 140 |
B.二状態速度過程 |
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| 141 |
C.多状態速度過程 |
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| 142 |
D.蛋白質フォールディングにおける遷移状態 |
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| 143 |
E.Φ値解析入門 |
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| 144 |
F.[1]H/[2]H交換法 |
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| 145 |
G.ペプチドのフォールディング |
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| 146 |
第19章 フォールディング経路とエネルギー地形 |
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| 147 |
A.レービンタール(Levinthal)のパラドックス |
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| 148 |
B.CI2のフォールディング |
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| 149 |
C.核形成凝結機構(nucleation‐condensation mechanism) |
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| 150 |
D.バルナーゼのフォールディング |
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| 151 |
E.マイクロ秒分解能におけるバルスターのフォールディング経路 |
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| 152 |
F.統一的フォールディング・スキーム? |
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| 153 |
G.理論からの洞察 |
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| 154 |
H.フォールディング速度の最適化 |
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| 155 |
I.分子シャペロン |
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| 156 |
索引 |
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